Được thành lập vào năm 2020, phòng khám Hải Đăng là một đơn vị trực thuộc của DNXH Hải Đăng, chuyên cung cấp các dịch vụ sức khỏe cộng đồng, phòng chống bệnh lây truyền qua đường tình dục, HIV/AIDs với các giải pháp PrEP, PEP, etc, cùng nhiều dịch vụ xét nghiệm, chuẩn đoán khác. Năm 2023, phòng khám Hải Đăng triển khai dịch vụ tư vấn sức khỏe tâm lý miễn phí dành cho đối tượng chính là thành viên cộng đồng LGBTI+ trẻ Việt Nam.